El poblado de Yahualica fue fortaleza de defensa del Señor de Metztitlán debido a su aspecto orográfico, frente a los Huastecos sin embargo algunos historiadores mencionan que los primeros habitantes de lo que ahora comprende la extensión de Yahualica fueron indígenas huastecos fundando el municipio en el siglo XVI y siendo evangelizados por frailes agustinos a la llegada de los españoles.
Durante la guerra de independencia los nativos de Yahualica lucharon a favor del movimiento insurgente encabezado por el cura Bartolomé de Velez Escalante.